V nové škole na Žižkově náměstí (dnešní Mírové náměstí) byl zahájen školní rok 1940/1941 dne 2. září 1940. Přesídlily sem dvě pětileté obecné školy, a to II. obecná chlapecká  škola a II. obecná dívčí škola, které byly do té doby v přeplněné budově obecných škol na tehdejším Grégrově, dnešním Alšově, náměstí (dnes nová městská knihovna). Budova měla dva vchody – jeden pro chlapeckou školu a jeden pro dívčí školu. V jižním křídle byla škola chlapecká, v severním dívčí, střední část byla společná. Škola byla vybavena ústředním topením, dvěma radiovými přístroji s 18 ampliony a mikrofonem, telefonem, elektrickými hodinami, vodovodem ve všech místnostech. V tehdejší době náležela k nejmodernějším školním budovám v kraji. Ve školní kronice se píše:
„V podzemí jest kuchyně s velikým moderním sporákem, jídelna, topírna, dvě šatny a dvě pracovny, v přízemí čtyři světlé učebny s okny obrácenými k východu a tělocvična se sprchami, v prvém patře rovněž čtyři třídy, dvě ředitelny, dvě sborovny, dva menší kabinety a síň pro lékaře uprostřed, ve druhém patře také čtyři učebny, dva větší kabinety a velká shromažďovací síň s okny k východu i západu.“

Ve městě došlo k novému rozdělení žáků dle obvodů, školy si vzájemně žáky předaly. Na počátku školního roku 1940 bylo v chlapecké škole 210 žáků, v dívčí 213 dívek. V prvním školním roce 1940/1941 byl zatímním řídícím učitelem Čestmír John, který v květnu 1942 odešel do výslužby.

     Výnosem ze dne 15. července 1940 ustanovilo ministerstvo školství, aby se české obecné školy označovaly podle ulic nebo městských čtvrtí. Proto okresní školní výbor v Písku změnil dosavadní název školy „II. obecná škola chlapecká“ na „Obecná škola chlapecká na Žižkově náměstí“.

     4. října 1940, tedy měsíc po zahájení výuky, byla budova školy na Žižkově náměstí zabrána k ubytování německého vojska a musela být proto vyklizena. Vyučování pak probíhalo ve školní budově na Grégrově náměstí (dnešní Alšovo), kde se třídy střídaly. Starší ročníky se dále učily v budově měšťanské školy na Husově náměstí.

     Během války byly na základě výnosu ministerstva školství a národní osvěty oznámeny nové učební osnovy německého jazyka, zeměpisu a tělesné výchovy pro obecné školy. Byl zvýšen počet hodin výuky německého jazyka. V této době se vyřazovaly „závadné“ knihy, obrazy a školní pomůcky.

Další změna názvu školy byla dána výnosem okresního školního výboru v Písku ze dne 25. června 1942, byla pojmenována: Obecná škola chlapecká v Písku, nám. Reinharda Heydricha. 18. října 1942 byla škola pojmenována II. Volksschule für Jungen Gregrplatz, Pisek neboli II. obecná škola chlapecká na Grégrově nám. v Písku, tedy podle sídla. Během války se ve vedení školy vystřídali František Stejskal, Ondřej Dvořák, Václav Jeřábek.

Po skončení války v květnu 1945 sloužila budova školy Rudé armádě jako nemocnice.  Počátkem školního roku 1945 – 46 zůstala škola opět ve školní budově na Grégrově náměstí, jelikož budova Benešových škol byla obsazena Rudou armádou, která v této budově měla divizní nemocnici. Již zde se hovoří o Benešových školách, neboť původně Žižkovo náměstí (za okupace Reinharda Heydricha) bylo ihned v roce 1945 přejmenováno na Benešovo náměstí. Školní vyučování probíhalo dle zvláštního rozvrhu v budově na Grégrově náměstí. V prvním poválečném roce byly rozvrhy prozatímní, třídy se střídaly v místnostech, ve IV. a V. třídě se začal učit ruský jazyk.  

V říjnu 1945 uvolnila Rudá armáda budovu školy a hned bylo započato s opravami a čištěním budovy, která za války hodně utrpěla. Citujeme ze školní kroniky:
„Němci, hlavně němečtí uprchlíci, budovu velmi poškodili, a proto opravy vyžádaly si značného času a finančního nákladu. Němečtí vetřelci zamořili místnosti i štěnicemi a bylo nutno budovu důkladně dezinfikovati.“

Dne 4. března 1946 byla chlapecká škola přestěhována zpět do vlastní budovy na Benešově náměstí. V březnu 1946 byl povolán z výslužby Čestmír John. Zemská školní rada schválila reaktivaci, a tak se stal od 1. dubna 1946 ředitelem školy.

Ve školním roce 1946/1947 došlo ke změnám v obsazení budovy, do volných učeben se nastěhovala škola pomocná a 1. oddělení mateřské školy.

V květnu 1947 byla podána žádost na ministerstvo školství o povolení užívat čestný název školy Dr. Edvarda Beneše. V březnu 1948 obdržela správa školy oznámení zemské školní rady. V něm byl výnos ministerstva školství, že kancelář prezidenta republiky sděluje souhlas pana prezidenta s užíváním čestného názvu: „2. obecná škola chlapecká Dr. Edvarda Beneše“ a „2. obecná škola dívčí Dr. Edvarda Beneše“ a svoluje s označením budovy výše uvedenými názvy.  V kronice se dočteme, že „tato událost byla oslavena besídkou a jménem učitelstva i žactva chlapecké i dívčí školy byl odeslán do Sezimova Ústí děkovný telegram“.

Školní rok 1947/1948 zahájily v budově školy II. obecná chlapecká a II. obecná dívčí škola, samostatná dvoutřídní pomocná škola a 1. oddělení mateřské školy. Výnosem ministerstva školství z 10. března 1948 bylo školám nařízeno vyložit žákům dějinný význam událostí z měsíce února 1948. Dne 8. dubna bylo uspořádáno slavnostní shromáždění, kde řídící učitel zdůraznil důležitost bratrského společenství všech slovanských národů a význam našeho spojenectví se SSSR. Toto shromáždění bylo společné s dívčí školou, přítomni byli i rodiče.    V roce 1948 vybudoval místní národní výbor u školy dětské hřiště s brankami. Mateřská škola měla svoje zvláštní hřiště s lavičkami a pískovištěm. Pro všechny žáky byl určen vycementovaný bazén se sprchou.

Výnosem z 30. června 1948 schválila zemská školní rada návrh na úpravu počtu škol na školní rok 1948/1949. Zdejší škola se spojila s II. obecnou dívčí školou pod jednu správu pod jménem II. národní škola prvního stupně. Podle této úpravy měla škola 5 postupných tříd a 4 pobočky (při třídách I., II., III., IV.). Všechny třídy byly koedukační, kromě V. třídy, která byla pouze chlapecká. Výnosem okresního školského výboru v Písku ze dne 30. srpna 1948 byl řídící učitel Čestmír John přeložen na trvalý odpočinek. Dne 1. září 1948 předal správu školy dosavadní řídící učitelce II. obecné dívčí školy Ludmile Broučkové, která ve funkci ředitelky vedla správu nově vzniklé „II. národní školy prvního stupně“.

Školní rok 1948/1949 byl zahájen společným shromážděním žáků a nového sloučeného učitelského sboru. Celkem do školy nastoupilo 355 žáků.

Ve školním roce 1949/1950 nastala změna ve vedení: dosavadní ředitelka Ludmila Broučková byla přeložena na I. národní školu v Písku. Zatímní ředitelkou byla ustanovena Ludmila Oktábcová, učitelka zdejší školy. Školní rok zahájilo 449 žáků, byly zavedeny nové učebnice.

Ve školním roce 1950/1951 byly od 3. postupného ročníku zavedeny žákovské knížky. Jejich zavedením se „značně zlepšila kázeň i prospěch žactva zvýšeným zájmem rodičů o školu“. Od listopadu 1950 byla zřízena školní družina, do které se hned přihlásilo 54 dětí.

18. listopadu 1951 byla škola pojmenována jménem Maxima Gorkého.

Školní rok 1952/1953 přinesl změny v organizaci. Učebny již nestačily a některé třídy byly umístěny do budovy gymnázia a některé měly střídavé vyučování.

Od 1. ledna 1961 se opět změnil název školy na Základní devítiletá škola Maxima Gorkého, 1. – 5. ročník, v Písku. Dosavadní ředitelka Ludmila Oktábcová se stala inspektorkou. Novým ředitelem se stal Vojtěch Bubník, který přišel z Husovy školy.

Ve školním roce 1962/1963 přešla škola na úplnou základní devítiletou školu. Do 7. a 8. ročníku přestoupili žáci z Husovy základní devítileté školy a Základní devítileté školy Dukelských hrdinů. Ředitelem školy byl jmenován Karel Stocký, zástupcem Vojtěch Bubník. Škola měla celkem 15 tříd a 3 oddělení družiny.

V listopadu 1963 byly zahájeny práce na vybudování polytechnického pavilonu, který byl uveden do provozu v únoru 1965. Byly zřízeny učebny fyziky, chemie, přírodopisu, společenských věd a výtvarné výchovy. V závěru školního roku 1964/1965 se připravovalo zřízení jazykové třídy pro žáky třetího ročníku s rozšířeným vyučováním ruskému jazyku.

V následujícím školním roce 1965/1966 byla zřízena třída s rozšířeným jazykovým vyučováním. Žáci z obvodu města byli na podkladě příjímacího pohovoru přijati do speciální třídy 3. postupného ročníku. V tomto školním roce byla věnována hlavní pozornost jednání o přístavbě školní budovy. Zahájení stavby samostatné budovy s učebnami a budovy pro kuchyni s jídelnou a družinou bylo plánováno na rok 1967.

Ve školním roce 1967/1968 se ve 3. a 4. třídě s rozšířenou výukou jazyků vyučoval ruský jazyk, v 5. třídě se přidal anglický, nebo německý jazyk. Až do 80. let  byly udržovány družební vztahy se školou v Gomelské oblasti (Rečica) v Sovětském svazu a se školou v Meiningenu v NDR. Škola měla 582 žáků.

Školní rok 1969/1970 začal ještě vyučováním ve staré budově. 13. října 1969 bylo zahájeno vyučování v nové budově. Tím bylo odstraněno směnování. Celkový počet žáků byl 711.

Ve školním roce 1970/1971 došlo ke změnám ve vedení školy. Byl jmenován nový ředitel Jaroslav Nozar, zástupce pro 6. – 9. ročník Jiří Průcha a zástupkyně pro 1. – 5. ročník Anna Kuttelvašerová. Provoz školy byl komplikován problémy s úpravami budovy (dostavba školy, tělocvičny, nekvalitní provedení elektrotechnických prací). Do školy nastoupilo 795 žáků. V plánu práce školy bylo i zahájení prací na vybudování spojovací chodby (koridoru) mezi jednotlivými školními budovami.

Ve školním roce 1973/1974 vzrostl počet žáků na 970, pedagogických pracovníků bylo 51.

Na začátku školního roku 1974/1975 měla škola už 30 tříd s 1012 žáky. V dubnu 1975 byla zahájena výstavba spojovací chodby „v rámci akce Z“.

Od 1. ledna 1977 byl jmenován nový ředitel Jiří Švec. Dosavadní ředitel Jaroslav Nozar odešel do důchodu. V dubnu 1977 udělal školský odbor územní změnu školních obvodů ve městě z důvodu otevření nové školy v Šobrově ulici od 1. září. Z naší školy bylo předáno 240 dětí, změnil se také učitelský sbor. V říjnu 1977 byla dokončena výstavba nových skladů.

Školní rok 1978/1979 zahájila jako ředitelka školy Miluše Roková, zástupkyní pro 1. – 5. ročník zůstala Anna Kuttelvašerová, zástupcem pro 6. – 9. ročník byl jmenován Josef Novotný.

V dalším školním roce 1979/1980 došlo ke změně – zástupcem pro 1. – 5. ročník se stal František Blažek, pro 6. – 9. ročník Anna Kuttelvašerová. Škola se potýkala již několik let s problémy při vytápění, které způsobovala především zastaralá kotelna. Připravovaly se plány na rekonstrukci soustavy vytápění, která se uskutečnila v roce 1981.

Školní rok 1982/1983 – zástupkyní pro 5. – 9. ročník byla ustavena Stanislava Mrzenová. Školu navštěvovalo celkem 897 žáků ve 29 třídách.

Ve školním roce 1983/1984 se opět změnila zástupkyně pro 5. – 9. ročník, novou zástupkyní se stala Božena Bečková, zástupcem pro 1. – 4. ročník zůstává František Blažek.

Ve školním roce 1984/1985 měla škola stejné vedení, navštěvovalo ji 909 žáků. V tomto školním roce byla zaměřena pozornost na nácvik spartakiády. 60 cvičenců se zúčastnilo ČSS se školní skladbou v Praze.

Ve školním roce 1986/1987 měla škola 977 žáků v 31 třídách.

Ve školním roce 1987/1988 odešla dosavadní ředitelka Miluše Roková do důchodu. Novým ředitelem byl jmenován Jaromír Hladký, zástupci zůstali Božena Bečková a František Blažek. Ve škole bylo 958 žáků.

Ve školním roce 1988/1989 bylo ve škole 924 žáků ve 30 třídách a 56 pedagogických pracovníků. Dosavadní ředitel nastoupil od 1. září 1988 do funkce okresního školního inspektora a novou ředitelkou školy byla jmenována Eva Faťunová. Na škole pokračovala zavedená výuka cizích jazyků v 10 třídách s rozšířenou výukou jazyků. Vyučovalo se od 3. ročníku ruštině, od 5. ročníku němčině, nebo angličtině.

Ve školním roce 1989/1990 byl jmenován nový zástupce ředitelky pro 2. stupeň Jaroslav Bouška. Škola měla 938 žáků ve 33 třídách. V listopadu 1989 došlo ke změnám ve společnosti a tím i ve školství. Byly staženy učebnice občanské nauky a tento předmět se neklasifikoval. Místo ruštiny byl zaveden předmět cizí jazyk. Ve 3. třídě byl hned zaveden místo ruštiny německý jazyk, v ostatních ročnících si žáci mohli vybrat - buď pokračovat ve výuce ruského jazyka, nebo se učit angličtinu. V květnu 1990 byla schválena změna školského zákona.

Od září 1990 byl jmenován za zesnulého Františka Blažka novým zástupcem pro 1. stupeň Rudolf Přib. Ve školním roce 1990/1991 byla v základních školách opět zavedena 9. třída. Od 6. ročníku mohli žáci vykonat přijímací zkoušku a pokračovat ve studiu na osmiletém gymnáziu. Škole byl vrácen čestný název z roku 1948 – ZŠ Edvarda Beneše. Na 1. stupni bylo 15 tříd se 407 žáky a na 2. stupni 17 tříd se 461 žáky. Ve 3. a 4. ročníku probíhala výuka němčiny, nebo angličtiny, od 5. ročníku se vyučoval druhý jazyk podle zájmu žáků – němčina, angličtina, ruština. Na škole působily americká a anglická lektorka. Výuka se řídila podle nově upravených osnov a učebnic. Ve škole byl dobudován videorozvod v učebně fyziky, kabinet cizích jazyků byl vybaven magnetofony.

Ve školním roce 1991/1992 měla škola 856 žáků, rozšířená výuky jazyků probíhala ve 12 třídách, žáci rozvíjeli znalost jazyků i v rámci družebních vztahů s rakouskou a německou školou. Škola byla průběžně vybavována novými učebnicemi a pomůckami. Od 1. září 1991 vešla v platnost nová vyhláška MŠMT o základní škole.

Ve školním roce 1992/1993 bylo na škole 21 tříd s 807 žáky, působilo zde 47 pedagogických pracovníků, 7 vychovatelů školní družiny. ZŠ využila nabídky mezinárodní organizace Rotary Club a vyslala 12 žáků s vyučujícími na třítýdenní pobyt do Německa. Pokračovaly i výměnné pobyty dětí a učitelů s rakouským Neumarktem. 12 dětí s jednou učitelkou vyjelo na výměnný pobyt do Británie (Wales, Merthyr Tydfil) v rámci partnerství města Písek a tím byla zahájena dlouholetá spolupráce se dvěma školami v této oblasti (později Caerfilly). Zároveň byla zahájena dlouhá tradice intenzivních jazykových kurzů se sportem na Šumavě, a to kurzem pro 8. ročník jazykových tříd za přítomnosti německé a britské lektorky. Jako novinka byla otevřena jedna první třída s rozšířenou výukou hudební výchovy. Z darů sponzorů se zakoupila řada pomůcek a sportovního náčiní, vybudovala se učebna výpočetní techniky a malá posilovna, využívaná nejdříve pro sportovní vyžití zaměstnanců, později pro výuku tělesné výchovy.  

Školní rok 1993/1994 – na vysoké úrovni pokračovala výuka cizích jazyků, na škole působili německá lektorka a americký lektor. Proběhl 1. intenzivní jazykový kurz 5. a 6. tříd na Šumavě s běžeckým lyžováním. Postupně se prováděla rekonstrukce elektroinstalace, opravy rovných střech, malování tříd a chodeb, opravy a výměny radiátorů topení, opravy osvětlení. Škola měla 739 žáků v 29 třídách.

Školní rok 1994/1995 byl zahájen s 679 žáky. Žáci naposledy odcházeli z osmého ročníku do středních škol a učilišť. Byl schválen dokument o přechodu na povinnou devítiletou školní docházku na základních školách. V rámci partnerství měst Písek a Lemvig v Dánsku škola navázala spolupráci se školou v Nord Nissum a později se školou v Selde. Žáci z dánského Nr. Nissum se zúčastnili jazykového kurzu s lyžováním na Šumavě, žáci ze Selde navštívili naši školu. Vybraní žáci z 6. a 7. tříd navštívili Dánsko. 

Školní rok 1995/1996 – v tomto školním roce zahájily 1. ročníky výuku podle projektu Obecná škola. Pokračovala rozšířená výuka cizích jazyků a hudební výchovy. Škola měla 667 žáků v 28 třídách. Uskutečnil se výměnný program žáků se školou na dánském ostrově Bornholm v Baltském moři. Žáci pracovali s dětmi s Dánska na společném environmentálním projektu Jak se v mém městě nakládá s odpady.

Od 1. ledna 2002 přechází škola do právní subjektivity – podle zřizovací listiny se stává příspěvkovou organizací zřízenou městem Písek.

1. srpna 2002 se ředitelkou školy stává Eva Vanžurová. Ve školním roce 2002/2003 jmenovala svou zástupkyní pro 2. stupeň Evu Faťunovou, na 1. stupni zůstal zástupcem Rudolf Přib. Od 1. ledna 2003 patří pod školu 2. mateřská škola, Mírové nám. 1466 a 15. mateřská škola, Erbenova 2080. Škola vystupuje pod novým názvem, a to Základní škola Edvarda Beneše a Mateřská škola Písek, Mírové nám. 1466. Škola vyučovala podle kurikulárního programu Základní škola. Od 1. ročníku nabízí rozšířenou výuku hudební výchovy a od 3. ročníku rozšířenou výuku cizích jazyků.

V roce 2003 začíná ve škole pracovat žákovský parlament. Zvolení žáci ze tříd 2. stupně a také pátých tříd se pravidelně schází, plánuje svoji činnost, spolupracuje s vedením školy.

V letech 2003/2004 – 2013/2014, kdy školu řídila Eva Vanžurová spolu se zástupci Jaroslavou Šáchovou (2. stupeň) a Rudolfem Přibem (1. stupeň), došlo také k významným školským reformám a obsahovým změnám ve výuce. Ministerstvo školství ČR vydalo koncem roku 2004 Rámcový vzdělávací program pro základní vzdělávání (RVP ZV), který se stal základem pro vypracování školního vzdělávacího programu, jež vypracovávali sami učitelé v týmech podle jednotlivých předmětů.

Žáci společně s učiteli začali vydávat školní časopis Enyky Benyky (2003), vycházel čtvrtletně, informoval o veškerém dění ve škole a v letech 2005 a 2006 byl dvakrát za sebou oceněn v celostátní soutěži O nejlepší školní časopis a vyhrál škole celkem 20 000 Kč, za které byla zakoupena barevná tiskárna a další potřebné věci. Byla zahájena tradice školních zájezdů do Velké Británie pro žáky 2. stupně školy s cílem umožnit žákům jednak komunikaci v angličtině s rodilými mluvčími (ubytování v rodinách), jednak poznat kulturu a zvyklosti země, jejíž jazyk se učí. Zájezdy jsou od té doby organizovány každoročně.

Od roku 2003 pracuje ve škole žákovský parlament. Zvolení žáci ze tříd 2. stupně a také pátých tříd se pravidelně scházejí, plánují svoji činnost, spolupracují s vedením školy. V průběhu celého školního roku pořádá parlament různé jednodenní i dlouhodobější akce pro žáky školy: Den naruby, Den laskavosti, Týden zdravé výživy, Kostýmový den, Den s plyšákem. Své spolužáky zapojují zástupci parlamentu také do charitativních akcí: před Vánoci pořádají sbírku pro útulek Sirius a v květnu Maraton pro Charitu. Nápad na dobročinný maraton si parlament přivezl ze školy TGM v Blatné, se kterou udržuje dlouholeté přátelství.

Ve školním roce 2005/2006 se žáci začali vyučovat podle školního vzdělávacího programu. Podle Národního plánu výuky cizích jazyků s akčním plánem pro období 2005 – 2008 je vyučován první cizí jazyk povinně od 3. třídy ve všech třídách, a to angličtina. Škola si udržela nadstandardní jazykovou výuku. V běžných třídách se vyučuje anglický jazyk od 3. ročníku 3 hodiny týdně a druhý cizí jazyk je podle RVP ZV nabízen jako volitelný předmět od 7. ročníku s využitím disponibilních hodin. Ve třídách s rozšířenou výukou jazyků se angličtina vyučuje od 3. do 5. ročníku 4 hodiny týdně a od 6. ročníku 3 hodiny angličtiny a přibývají 3 hodiny němčiny. 

Ve školním roce 2006/2007 se škola přihlásila do evropského vzdělávacího projektu Comenius a získala grant pro spolupráci se školami v Dánsku (Arhus) a Švédsku (Örebro). Projekt s názvem „Portfolio jako součást sebehodnocení, reflexe a evaluace“ probíhal ve všech třídách 1. stupně a zahrnoval výjezdy učitelů i členů vedení školy do partnerských zemí a návštěvy dánských a švédských učitelů u nás.

Od školního roku 2007/2008 škola začala vyučovat v 1. a 6. ročníku podle školního vzdělávacího programu Tvořivá škola, v ostatních ročnících se vyučuje dle vzdělávacího programu Základní škola. Program Tvořivá škola se pak postupně zaváděl do vyšších ročníků. V 1. ročníku byly třídy se zaměřením na hudební výchovu, sportovní hry, či dramatizaci. Od 3. ročníku měli žáci stále možnost přestoupit do třídy s rozšířenou výukou cizích jazyků. Na 1. stupni úspěšně probíhal evropský projekt Comenius zaměřený na práci s žákovskými portfolii. Spolupráce se školami v Dánsku a Švédsku přinášela škole užitek nejen finanční, ale především umožnila výměnu zkušeností a zároveň přidala benefity výchovně vzdělávací pro učitele i žáky.

Ve školním roce 2008/2009 byla zavedena přípravná systematická výuka angličtiny v 1. a 2. třídách, která probíhá převážně audiorálním způsobem a pomáhá dětem seznámit se s cizím jazykem v raném věku. V rámci projektu Comenius si od 1. ročníku žáci vedli o své školní práci individuální dokumentaci, která se nazývá portfolio, tj. složka, do které si žák zakládal své práce svědčící o jeho školním pokroku. Bylo využíváno při závěrečném sebehodnocení žáků za přítomnosti třídního učitele a zákonného zástupce. V tomto školním roce navštívili školu kolegové z Dánska a Švédska a naši učitelé uskutečnili několikadenní stáže na dánské a švédské škole. Projekt Comenius byl završen a jeho produktem bylo DVD všech tří evropských škol mapující všechny aktivity tříletého projektu.

Škola získala grant na projekt „Číst anglicky znamená učit se anglicky rozumět, mluvit, psát a myslet. A myslet znamená žít.“ – Byl to rozvojový program na podporu výuky cizích jazyků, na rozvoj a zlepšení čtenářských dovedností žáků v cizím jazyce. Škola získala v rámci projektu finanční prostředky na nákup materiálů pro rozvoj čtenářské gramotnosti v angličtině. V květnu 2009 se uskutečnil výměnný program do Německa – ve spolupráci se školou Freiherr-vom-Stein-Schule ve Wetzlaru a Grundschule v Garbenheimu. Děti bydlely v rodinách, poznaly jiný způsob života a motivovalo je to k dalšímu studiu jazyků. Žáci z Německa návštěvu opětovali v následujícím školním roce a bydleli v českých rodinách. 

V rámci projektu Škola a řemeslo uspořádala škola v září kamenosochařské sympozium ve spolupráci se Střední uměleckoprůmyslovou školou sv. Anežky České, zúčastnilo se 40 žáků píseckých škol, byla poskytnuta dotace z grantového programu města Písku. Dále se v Písku uskutečnilo setkání českých a slovenských žáků ze ZŠ Lichardova v Žilině. (2009/2010) Návštěva byla reciproční, v květnu 2011 se uskutečnilo další setkání se ZŠ Lichardova - žáci 5. ročníku odjeli do Žiliny, bydleli ve slovenských rodinách, účastnili se vyučování. V létě se pak setkali čeští a slovenští učitelé v Lednici. Spolupráce se slovenskou školou trvá do současnosti.

V roce 2011 se někteří z žáků vyškolili v programu Řešení vrstevnických vztahů. V rámci tohoto školení vznikla skupina s názvem Pink Help a jejím hlavním úkolem je pomáhat mladším spolužákům překonávat obtíže spojené s nástupem do školy či se školní docházkou vůbec.

Ve školním roce 2013/2014 se už vyučovalo ve všech ročnících podle programu Tvořivá škola, ve třídách 1. stupně se využívalo k hodnocení a sebehodnocení dětí žákovské portfolio, které umožňovalo i užší kontakt a spolupráci s rodinou. Škola se zapojila do projektu „Moderní technologie přináší užitek a radost“ zaměřeného na zlepšení kompetencí pedagogických pracovníků škol v oblasti využívání informačních technologií ve výukovém procesu. Finanční podíl školy byl hrazen z operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost.

Ve školním roce 2014/2015 došlo ke změně ve vedení školy. V listopadu roku 2014 odešla ředitelka školy Eva Vanžurová na místo starostky města Písku. Řízením školy byla pověřena Jaroslava Šáchová, zástupkyní pro 2. stupeň byla jmenována Martina Štěrbová, na 1. stupni zůstal zástupce Rudolf Přib. Ve škole bylo 705 žáků ve 27 třídách. V 5. – 9. ročnících byly zavedeny elektronické třídní knihy. Byla zřízena funkce speciálního pedagoga. V září tohoto školního roku se uskutečnilo v Praze na stadionu Na Julisce republikové finále Odznaku všestrannosti olympijských vítězů, kam se z krajského kola probojovalo družstvo naší školy. Odznak všestrannosti je sportovní soutěž pod patronací Českého olympijského výboru. Cílem tohoto projektu je zvýšit pohybovou aktivitu dětí na základních školách. Družstvo našich žáků bylo úspěšné a získalo 3. místo v celostátní konkurenci, jeden žák získal v disciplínách jednotlivců 2. místo.

Ve školním roce 2015/2016 si škola připomněla padesáté výročí výuky cizích jazyků (ve školním roce 1965/1966 získala oficiální statut školy s rozšířenou výukou cizích jazyků). V rámci oslav tohoto výročí byly uspořádány různé akce spojené se životem školy a hlavně s výukou jazyků – zájezdy žáků do Anglie, Německa, divadelní představení v angličtině, studijní stáže pedagogů školy v Anglii, vyšlo mimořádné číslo školního časopisu Písmenko, byl uspořádán den otevřených dveří. V tomto dni navštívili školu v hojném počtu bývalí učitelé, žáci a další hosté, včetně vedení města Písek. Byla vydána keramická upomínková plaketa. Úspěšná reprezentace naší školy v soutěži Odznak všestrannosti olympijských vítězů se stala tradicí, naše družstvo se opět probojovalo do republikového finále, které se konalo v Praze Na Julisce, a umístilo se na 9. místě.

V letech 2002 – 2014 pod vedením ředitelky Evy Vanžurové a později v letech 2014 – 2017, kdy školu vedla Jaroslava Šáchová, došlo k obrovským investicím do rekonstrukcí budov školy, renovace vnitřního vybavení, do technického a technologického zázemí pro organizaci i výuku a do úprav okolí školy. V obou školních budovách byla postupně vyměněna okna a byly zatepleny. Došlo k výraznému zkvalitnění interiérů školy: byla rekonstruována sociální zařízení ve školních budovách, což bylo velmi důležité zejména v historické budově, kde byly i toalety do té doby stále „historické“, ve třídách a ostatních místnostech byly vyměněny podlahy, na chodbách 1. stupně na třetím podlaží byla položena nová dlažba, třídy byly pravidelně vymalovávány a ve všech byl postupně vyměněn nábytek, byly zakoupeny nové moderní lavice a židle, kabinety, kanceláře a sborovny byly postupně vybaveny novým moderním nábytkem na míru, byla zařízena keramická dílna s vypalovací pecí, upravily se prostory pro žákovskou knihovnu, byla modernizována telefonní síť a zakoupena nová rozhlasová ústředna, postupně byly vybudovány dvě počítačové učebny a multimediální učebna s interaktivní tabulí, některé další odborné učebny 2. stupně byly vybaveny interaktivními tabulemi (učebny přírodopisu, fyziky, hudební výchovy a jazyků), interaktivní tabule byly postupně dávány do všech učeben 1. stupně. V této době byla kompletně rekonstruována školní jídelna, především zde byla instalována úplně nová kuchyně s nejmodernějšími spotřebiči. Také byla kompletně rekonstruována tělocvična a víceúčelové hřiště, opravena střecha tělocvičny a renovovány prostory k tělocvičně a hřišti náležející, tzn. sociální zařízení a šatny, hygienické zařízení pro školní hřiště a byl vybudován sklad pro hřiště. Byla realizována opatření proti radonu v učebnách a v tělocvičně 2. stupně. Byly postaveny nové, prostorné centrální šatny pro žáky 1. i 2. stupně se zamykacími skříňkami, kam si žáci ukládají své věci (2015). V prostorech bývalých šaten v budově druhého stupně vznikly dvě nové třídy. Před historickou budovou školy bylo vybudováno parkoviště, které slouží pro krátkodobé parkování vozidel rodičů dětí  ZŠ i 2. MŠ. Byly upraveny a rekonstruovány chodníky a provedeny sadové úpravy v areálu školy. V rámci projektu města Písek byl realizován systém individuální regulace DIRC, s jehož pomocí je možno sledovat a ovládat vytápění v jednotlivých místnostech v budovách školy. Nemalé prostředky byly investovány také do obou mateřských škol, kde byly kompletně renovovány vnitřní prostory a vybavení na zahrady, byly dodány herní prvky a bylo vybudováno víceúčelové hřiště u 2. MŠ. Většina staveb a renovací probíhala v době prázdnin, aby nenarušovaly výuku a aby byla zajištěna bezpečnost žáků a zaměstnanců

Ve školním roce 2016/2017 byly ve všech třídách od 1. do 9. ročníku zavedeny elektronické třídní knihy. Vedení školy a někteří učitelé se zúčastnili oslav 40. výročí založení školy Lichardova v Žilině a v červnu přijeli slovenští žáci s učiteli do Písku.

Od 1. srpna 2017 byl jmenován novým ředitelem školy Filip Rádr. Zástupcem ředitele na 2. stupni se stala Jaroslava Šáchová, zástupcem pro 1. stupeň zůstal Rudolf Přib. Ve školním roce 2017/2018 měla škola 773 žáků ve 32 třídách. Ve všech třídách (od 1. do 9. ročníku) byly zavedeny elektronické žákovské knížky. Učitelé začali využívat školní program Bakaláři informační systém Komens pro komunikaci se zákonnými zástupci. Pro usnadnění školních plateb směrem ke škole byla zavedena aplikace Školní program. Bylo upraveno zázemí pro malou tělocvičnu, dokončeno opatření proti radonu v učebnách a ve velké tělocvičně, vyměněna dlažba na 2. a 3. podlaží v budově 1. stupně, zrekonstruována chodba školní družiny a dvě třídy školní družiny byly vybaveny novým nábytkem.

Ve školním roce 2018/2019  nebyla vzhledem k malému zájmu otevřena ve 3. ročníku třída s rozšířenou výukou cizích jazyků. Žáci dostali možnost výuky angličtiny v rámci volitelných předmětů, což znamenalo jednu hodinu jazyka navíc pro přihlášené žáky. Ve druhém pololetí se otevřel pro zájemce kroužek italštiny. Do suterénu 1. stupně byla přestěhována odborná učebna dílen, ve druhé menší místnosti zůstává klubovna žákovského parlamentu. Žákovský parlament V původních dílnách vznikly stavebními úpravami dvě nové třídy. Pokračovaly práce na úpravách a rozšíření keramické dílny (dlažby, dveře), byla vyměněna dlažba v přízemí budovy 1. stupně.

Ve spolupráci se spolkem Olymp Centrum Club byla již podruhé uspořádána charitativní akce Vánoční jarmark, na který žáci vyráběli drobné vánoční předměty. Z výtěžku byly nakoupeny věcné dary a předány dětskému oddělení písecké nemocnice. V areálu školy byla slavnostně zasazena lípa k 100. výročí založení samostatného Československa za účasti starostky města Evy Vanžurové a poslance Ondřeje Veselého.

Ve školním roce 2019/2020 odchází Rudolf Přib do důchodu a zástupcem pro 1. stupeň je jmenován Martin Prokop.

Vedení školy se začalo připravovat na oslavu 80. výročí založení školy, neboť v  září 1940 zde byl zahájen první školní rok v krutých podmínkách okupované země. Avšak v prvních fázích přípravy oslav nikdo nečekal, že tento školní rok bude pro školu a celý stát velmi pohnutý. 11. března 2020 byly nařízením vlády ČR uzavřeny všechny školy a hned 12. března 2020 byl rozhodnutím vlády nařízen nouzový stav z důvodu pandemie koronaviru COVID-19. Učitelé zahájili distanční výuku online. Všechny tradiční akce musely být zrušeny nebo odloženy na neurčito (školní zájezdy do Anglie, do Říma, jazykový kurz 6. tříd a další sportovní, didaktické a jiné soutěže a události).